菌肥是微生物肥料的俗称，它是一种带活菌体的辅助性肥料。
土壤中存在着大量的微生物（包括、、放线菌），一般每克土含有几亿至几十亿个微生物。
有些对作物生长发育有益，有些则有害。
人们用科学的方法从土壤中分离、选育有益微生物，经过培养、繁殖、制成菌剂，将这些菌剂应用于农业，使作物增产，称为菌肥，又叫做微生物肥料。
目前我国生产和应用的菌肥主要有根瘤菌、固氮菌、磷、钾、抗生菌肥料等。
菌肥是通过有益微生物的生命活动，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。
施用菌肥有菌液叶面喷施、菌液种子喷施、拌种和固体菌剂与种子拌和作为菌肥等。
菌肥怎么起作用？
菌肥的主要作用，是由活菌决定的。
（活菌通过自己的活动，分解土壤里的营养物质变成植物可以吸收的养分，分泌一些对植物生长有用的物质，也有有效菌死去之后留下的物质。）
具体每一种活性菌有自己主要的作用，不是一种活性菌具备以下所有的作用。
一、对土壤的作用：
增加营养元素的有效含量、减少化肥施用，增加有机肥效果。
二、对植物的作用：
帮助植物吸收营养、刺激植物生长，增加植物抗逆性、让植物长得更好。
三、对有害生物的作用：
防治有害生物，增加抗病性。
（一）对土壤的作用（本节主讲氮磷钾）
1.对土壤的作用
植物无机态的营养就是一些离子，化肥溶于水由分子态变成离子态，植物好吸收，因为它带电荷，利于植物吸附。有机态的营养是好多原子在一起组成的大分子，不太容易被吸收，菌肥的作用是把有机态的氮磷钾变成无机态的，利于植物吸收。
增加氮元素的菌有三种，就是把空气中的氮元素合成植物能吸收的那种。
1根瘤菌 2自生固氮菌 3联合固氮菌
（1）根瘤菌，侵入到植物的根里，在根部安营扎寨，帮助植物固氮，但是同时也需要植物提供一些营养，让自己活着。
这些菌一般豆科植物上比较多，专一性比较强，也就是比较认植物，比如大豆根瘤菌只认大豆，花生根瘤菌只认花生。
（如果有个农户想在没有种过大豆的地里种大豆，如果你推荐花生根瘤菌给他是没有什么效果的。）
含有根瘤菌的菌剂可以登记为根瘤菌菌剂，如果是含有下面这两种，一般会登记为固氮菌菌剂。
（2）自生固氮菌，还有一种在土壤中活着，不需要植物提供营养，自己养自己的自生固氮菌，它们产生的含氮的这种营养需要等他们死掉之后才会释放出来。所以这种菌要提前施，可能15-20天，才能看到效果。
（3）自生固氮菌，还有一种是介于两者之间的，它只在根表或皮层内生活，但是不需要植物提供营养，也可以在土壤中存活，但是活性比较低。联合固氮菌，它喜欢禾本科（水稻、甘蔗、高粱）植物在一起。
菌肥跟有机肥比较像，需要1-2年连续用效果才会好。
自生固氮菌、联合固氮菌，混合在一起做成固氮菌菌剂，可以用在禾本科和其他作物上，也可以用在果树上。
2，能增加有效磷含量的是磷。
一般认为这些可以通过分泌酸和酶，把难溶性的磷元素（无机磷化合物）变成可溶性的，把有机态的磷变成无机态的。
K2O
3，能增加有效钾含量的是钾，也叫硅酸盐。
一般认为这些可以通过分泌酸，溶解硅铝酸盐类矿物，释放钾素营养，这些营养能供给植物也能给自己用，当死后，体内富含的钾会释放出来，产生的、氨基酸会促进植物生长，抑制其他病原菌生长。
1.对植物的作用
帮助植物吸收营养、刺激植物生长，增强抗逆性。
菌根菌剂，主要是VA菌根，也叫从枝状菌根。它们也是跟植物根系在一起的，但是不像根瘤菌，它们把根插到植物根里，自己再长出一些根毛样的东西，协助植物吸收养分。
它不是特别认植物，能跟大部分的植物结合，在果树上用得比较多。
2.对有害生物的作用
防治有害生物，增加抗病性。
连作会有土传病害，这些病菌能在土里能活1-2年甚至10年8年，重茬长不好，跟这个关系特别大。
放线菌会产生把微生物都杀死，可以有效保护植物的根。
放线菌还会产生一些物质，提醒根系它的周围有危险，让植物产生茉莉酸之类的物质抵抗有害的菌。一方面把有害菌杀死了，另一方面还让植物自己提高抵抗力。
菌肥在施用过程中，必须注意以下7要点
1、根据田间实际状况对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。
2、根据土壤墒情施用菌肥的佳温度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度为适宜。
3、不能和其他农药混用为防止活菌致死注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
4、与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
5、因量制宜对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
6、因时制宜生物菌肥不是肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果佳。
7、不同种类的菌肥也不宜混用。目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抵制作用还不是很清楚，若相互抵制，则会降低肥效。